En el siglo XV, los portugueses comenzaron a comercia en tierras nigerianas, primero con productos de la tierra y más adelante centrándose en el comercio de esclavos. Entre otros efectos, el comercio de esclavos produjo la inestabilidad entre los gobiernos de la región que se vió aún más en peligro con la expansión islámica durante el siglo XVIII, antes presente sólo en los Estados del norte.
Durante los siglos XIX y XX, los británicos fueron conquistando Nigeria y sometiéndola a su administración. En 1947, con el fin de reducir las tensiones étnicas y religiosas, la administración colonial articuló un sistema federal de gobierno, creando nuevas divisiones administrativas.
En 1960, Nigeria obtuvo la independencia con Nnambi Azikiwe como primer Presidente, elegido por la coalición vencedora en las elecciones, formada por los partidos Northern People's Congress (con implantación en el norte del país) y el National Council of Nigerian Citizen (de mayoría Igbo).
Desde entonces el país ha aguantado varios cambios de gobierno, frecuentemente violentos. La amenaza más grande para la estabilidad del país fue durante los años 1967 a 1970, en que Nigería se vió inmersa en la guerra civil provocada por la escisión unilatera de la República de Biafra. En 1985, el general Ibrahim Babangida, llegó al poder después del derrocamiento del régimen militar anterior, presidido por el general Buhari. Aunque Babangida se comprometió a la celebración de elecciones en 1988, éstas no se llevaron a cabo hasta 1993, y sólamente con la participación de dos partidos legalizados: la Convención Republicana Nacional (NRC), promovida por gentes cercanas al gobierno militar en el poder, y el Partido Socialdemócrata (SDP). El NRC obtuvo los votos de la mayoría de la población musulmana delmnoret mientras que el SDP tuvo los votos de la mayoría de la población Ibo y Yoruba, en el sudeste y oeste. En la pugna por la presidencia, el candidato del SDP, Moshood Abiola, consiguió la victoria sobre Bashir Tofa, candidato de la NRC, pero el Presidente Babangida anuló los resultados y Abiola se vió obligado a exiliarse temiendo por su vida.